Pada 2005, Vaughn mula menjalin hubungan dengan Jennifer Aniston, pelakon bersamanya dalam filem The Break-Up.[14] Pada musim gugur tahun 2006, Vaughn memfailkan saman terhadap tiga majalah tabloid yang menuduh mereka dengan salah mendakwa bahawa beliau tidak setia kepada Aniston.[15] Mereka berpisah pada November 2006.[14]

Pada bulan Mac 2009, dilaporkan bahawa Vaughn bertunang dengan broker barang Kanada Kyla Weber.[16] Mereka berkahwin pada 2 Januari 2010,[17] di Rumah Armor bersejarah di Akademi Lake Forest di Lake Forest, Illinois. Pasangan ini mempunyai dua anak: anak perempuan Locklyn Kyla Vaughn (lahir tahun 2010) dan anak lelaki Vernon Lindsay Vaughn (lahir tahun 2013).[18][19]

Vaughn menyokong calon Presiden Republik Ron Paul dalam kedua-dua pilihan raya 2008 dan 2012,[20] Dan Rand Paul pada pilihan raya 2016.[21] Beliau juga telah muncul di beberapa acara Parti Libertarian.[22]